Berikut adalah daftar UIN, IAIN, dan STAIN se-Indonesia.

Universitas Islam Negeri (UIN)

1. UIN Alauddin, Makassar (Sulawesi Selatan) [1]

2. UIN Ar-Raniry, Banda Aceh (Aceh) [2]

3. UIN Maulana Malik Ibrahim, Malang (Jawa Timur) [3]

4. UIN Raden Fatah, Palembang (Sumatera Selatan) [4]

5. UIN Sultan Syarif Kasim, Pekanbaru (Riau) [5]

6. UIN Sumatera Utara, Medan (Sumatera Utara) [6]

7. UIN Sunan Ampel, Surabaya (Jawa Timur) [7]

8. UIN Sunan Gunung Djati, Bandung (Jawa Barat) [8]

9. UIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta (D.I. Yogyakarta) [9]

10. UIN Syarif Hidayatullah, Tangerang Selatan (Banten) [10]

11. UIN Walisongo, Semarang (Jawa Tengah) [11]

Institut Agama Islam Negeri (IAIN)

1. IAIN Ambon, Ambon (Maluku)
2. IAIN Antasari, Banjarmasin (Kalimantan Selatan)
3. IAIN Bengkulu, Bengkulu (Bengkulu)
4. IAIN Datokarama, Palu (Sulawesi Tengah)
5. IAIN Imam Bonjol, Padang (Sumatera Barat)
6. IAIN Mataram, Mataram (Nusa Tenggara Barat)
7. IAIN Padangsidempuan, Tapanuli Selatan (Sumatera Utara)
8. IAIN Pontianak, Pontianak (Kalimantan Barat)
9. IAIN Purwokerto, Purwokerto (Jawa Tengah)
10. IAIN Raden Intan, Bandar Lampung (Lampung)
11. IAIN Salatiga, Salatiga (Jawa Tengah)
12. IAIN Samarinda, Samarinda (Kalimantan Timur)
13. IAIN Sultan Amai, Gorontalo (Gorontalo)
14. IAIN Sultan Maulana Hasanuddin, Serang (Banten)
15. IAIN Sultan Thaha Saifuddin, Muaro Jambi (Jambi)
16. IAIN Surakarta, Sukoharjo (Jawa Tengah)
17. IAIN Syekh Nurjati, Cirebon (Jawa Barat)
18. IAIN Ternate, Ternate (Maluku)
19. IAIN Tulungagung, Tulungagung (Jawa Timur)
20. IAIN Bukittinggi, Bukittinggi (Sumatera Barat)
21. IAIN Jember, Jember (Jawa Timur)
22. IAIN Sultan Qaimuddin, Kendari (Sulawesi Tenggara)
23. IAIN Zawiyah Cot Kala Langsa, Kota Langsa (Aceh)

Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN)